香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
穷家女叶玲，一个不甘平凡的女性，随丈夫被卖到西澳洲当奴工，因而认识焦济夫，济夫更对她一见钟情。因缘际会下，叶玲与夫发现了大批钻石，在济夫的协助下三人带着钻石逃走，可惜途中其夫被杀，叶玲与济夫惟有各占一半钻石到香港发展。二人凭着手上的钻石分别成为香港举足轻重的富豪，但表面从商的他们，暗地里却从事黑帮活动，二人势均力敌。 叶玲在一次枪击中，险遭杀害，幸得探员易麟所救，叶玲对易麟亦产生好感。易麟在筹备结婚期间，巧遇由澳门只身来港的歌女商金珠，二人一见钟情，易麟遂与没有感情之未婚妻柳小眉解除婚约，转而追求金珠。与时同时，一直觊觎叶玲财色的济夫，因妒忌叶玲对易麟的爱意，遂设局陷害他，令其被捕入狱。为救意中人，叶玲誓与济夫一决雌雄，一幕幕黑帮大仇杀亦由此展开...
毛小方（林正英 饰）是远近闻名的除魔道长，某日，女飞贼黑玫瑰（商天娥 饰）来到墓穴之中，窃取了慈禧口中的宝石，没想到使得慈禧就此苏醒，带领着她的僵尸兵团在小镇里作威作福。所幸毛小方即使赶到，才化解了这一番危机。
谢东闵入行12年孖住孔德贤当「男一」 与陈嘉慧搞神仙恋 无线艺人谢东闵与孔德贤从未为无线剧集担任男主角，而入行12年的谢东闵终于一尝心愿，孖住入行5年的孔德贤做男一，二人即将开拍公司轻松搞笑民初新剧，而女主角则是现时无线力捧、一剧接一剧的「小花」陈嘉慧。 谢东闵于剧中饰演神仙，首担「男一」的他坦言压力不大，他受访时说：「以前都拍过几套古装同民初，好似《大药坊》、《丫嬛大联盟》，不过今次慨拍档全部都未合作过。（你系前辈喎？）哈哈！系有经验慨演员，依家公司都提携好多新一辈，都系好事嚟，不过真系好想同啲细过我慨演员合作，擦出火花。（真系冇压力？）冇喎！最紧要系畀心机做好个角色啫！」 说到之前如《杀手》、《刑侦日记》及《金宵大厦2》都多是演性格沉郁、阴险的角色，他说：「系呀！之前几套真系杀人杀到闷，系时候做番啲正派角色，都想畀观众睇到我开心、好玩慨一面。」此剧现以「双男一」上阵，问到会否跟孔德贤争戏份时，谢东闵表示不会，只期待大家擦出火花。他又指今次最开心是可跟韦家雄合作：「我好爱渠，同渠合作真系好开心。」 至于孔德贤坦言有份做男主角很开心，他说：「之前都返咗去见监制，因为做男主角系自己慨目标，亦都好感恩，好多谢公司畀机会我呢个新人，今年系我入行第5年，我会视今年为开始慨一年，好好学习，先做好人，再做好戏，专心做好自己工作，其他嘢唔会理住。」他又指今次角色是开心的，故事入面跟饰演神仙的谢东闵相遇，一齐经历感情，大家互相扶持同成长：「之前同闵大人（谢东闵）冇真正合作过，但大家一齐打过GAME同食饭，渠系一个好锡后辈，好NICE慨人，我都希望喺渠身上学到嘢，互相交流。做主角系会紧张，尤其是呢套唔系时装，系民初剧，压力一定有慨，但系我会视为动力，尽自己最大努力去演好，感受角色，同埋好好学习。」现时他正跟陈嘉慧合作拍摄《你好，我的大夫》，他说：「我哋拍得好开心，希望嚟紧呢套大家多啲对手戏时，可以磨练大家慨演技，互相鼓励成长。」 而陈嘉慧透露剧中角色只得18岁，更是妓院的妓女，「呢个系轻喜剧，都几得意，讲我畀人卖咗去妓院，中途会同孔德贤、谢东闵发生好多得意嘢，渠两个都钟意我，会有个三角关系。上一次拍民初系我实习时，我未正式做过民初角色，真系好兴奋，不过我谂肢体语言同对白方面都要再执吓，本身自己麻甩啲，所以要有番啲女人味。」 而黄嘉乐今次剧中饰演「大奸角」，甚有发挥，与两位男主角反差大：「个角色由工正直做到奸，我都好多年冇演反叛，继《张保仔》同《致命复活》都有6、7年。（今次都系啲后辈做主角！）冇所谓，公司派乜咪做乜，角色系冇分大同小，最紧要系做好渠啫！」
方有为（林家栋 饰）家中世代经营茶园，自己亦以此为业。在方有为的心中，一直思念着初恋情人苏曼乔（杨婉仪 饰），与此同时，伴在身旁的山地姑娘盘妹雅（张可颐 饰）亦让他心动不已，旧爱新欢，一时间方有为不知该如何取舍。 钟汉牛（麦长青 饰）是方有为的死党，方有为知道他一直喜欢着盘妹雅，因此将自己对妹雅的感情深藏在心底，反过头来帮助钟汉牛追求妹雅。钟汉牛傻傻以为自己已经博得了妹雅的欢心，准备迎娶妹雅，哪知道高傲不羁的妹雅在结婚当日成为了落跑新娘，并且大胆的坦白了自己对于方有为的感情，致使方有为和钟汉牛兄弟反目。就在方有为和妹雅历尽千难万险最终走到一起之时，苏曼乔的出现让两人的感情再现波澜。
方至仁（钟镇涛 饰）和施可曼（关咏荷 饰）是用一间医院的医生，两人亦是情侣。某日，方至仁被卷入了一宗安乐死的官司之中，如果不能赢得关系，他就将背负上“杀人犯”的罪行而身败名裂。在案件的审理过程中，施可曼一直守护在方至仁的身边不离不弃，然而，两人之间的感情却因为施可曼一直放不下早已经去世的前男友而陷入了僵局。之后，一场意外让施可曼看到了方至仁的真心，两人间的嫌隙终于不复存在。 程家勤（周嘉玲 饰）是施可曼的好友，喜欢过夜生活的她在一次醉酒之后惨遭强暴，家勤坦然接受了自己身上发生的一切，并将犯人告上了法庭，然而，家勤的男友却选择了离开，之后，家勤发现自己竟然怀孕了。
勇探高中正为了追捕“玫瑰连环杀手”。行动当日，儿子进星在街上巧遇正在埋伏的中正，中正为怕误了大事，把进星赶走，未料进星竟因此失踪，从此人间蒸发。妻子绮文因儿子失踪一事，决定和中正离婚。加上追捕杀手失败，遭上司怒斥他严重失职，中正受到连番打击，决离开警队。后来，中正开设私家侦探社。因为他身同感受，每接到寻人案件时都会特别拼命，寻回不少失踪人士，成为寻人专家。在童星寻父案中，中正认识了来自“演艺世家”的临记领班黎筱。原来两年前黎筱曾途经当日进星失踪的现场，更曾与进星接触。黎筱一片好意想带进星回家，却被进星摆脱。黎筱认为进星的失踪自己亦要负上责任，对中正感到内疚，但又不敢说出真相。黎筱惟不断介绍生意给中正，又利用自己的演戏天份，扮鬼扮马与侦探社众人一齐查案，可是笨手笨脚，反而越帮越忙在侦探社里，中正有三个手下，包括文启超、万大宝和林欣欣。启超是中正表弟，表面花fit臭口，其实感情重伤，不敢付出真爱，对大宝保持着欢喜冤家的关系。大宝是侦探社的Charles Angel，既漂亮又蛊惑。大宝擅长“放生电”向警察套料，正直兼戆直的差人官青云成为她的“索料”对象。大宝和青云因合作而擦出爱火。此时启超决定冲破心理障碍，向大宝展开追求，形成三人错爱关系。此时，黎筱查出进星与绮文住在澳门，更惊人发现是中正以前的警队好友国伟，和绮文因当年的一段婚外情，怀了进星。中正无法面对，幸得黎筱的开解，决定接受现实，把进星交回二人抚养。不料，此时绮文、国伟在意外中身亡，中正惟有收养进星。另一边厢，黎秋更告诉中正一个秘密，原来黎筱并非他的亲生女。当年黎筱昏迷山边，夫妇好心相救，黎筱醒后失去记忆，碰巧黎秋母小甜从金山回来误会黎筱就是自己的孙女，黎秋夫妇决定收养她。但此事黎筱一直被蒙在鼓里。中正和黎筱展开恋情，不料，中正发现黎筱打扮惹火在酒吧里与陌生男人打情骂俏，更对中正视如陌路，中正怒斥黎筱玩弄感情，愤然提出分手。黎筱莫名其妙，感到受到伤害。原来当中正在酒吧遇到的其实是黎筱的孖生姊姊莫慧姿。黎筱和慧姿四岁时意外跌进河里，两姐妹失散。慧姿展转成为老千，更被富商之子利用，进行不法勾当。后来，中正终寻回黎筱，却不知道她其实是慧姿，真正的黎筱在逃亡中遇到意外受伤，昏迷不醒。慧姿被中正感动，遂以黎筱的身份重过新生活，更与中正发展感情。但慧姿的心里却十分矛盾，是否从此取代妹妹的身份过活？真正的黎筱终于醒来，为报慧姿当年救命之恩，决牺牲自己让爱。中正发现有两个黎筱存在，终揭发她们是一对孪生姊妹。中正对二人都有刻骨铭心的经历，究竟他最爱是谁？
